日本交通运输发达，全国有188个机场，主要机场有30个，东京的羽田机场和成田机场是日本的空中大动脉，函馆、福冈、大阪、关西、北九州、那霸的机场都是日本的空中交通枢纽。日本航空、全日空、北海道国际航空、天马航空（SKY）是日本四大航空公司，是日本空中交通的重要标志。
东京羽田国际机场（HND）位于日本东京都大田区东南端（35°33′12″N，139°46′52″E）多摩川河口的左岸，是日本最大的机场，俗称羽田机场（Haneda Airport），总面积408万平方米。每天约有230个航班进出港，起落约460次。东京羽田国际机场作为首都东京航空运输的出入门户，经营国内和少量国际航空客货运输业务。上海到日本东京（HND）物流巴巴可提供空运直达，深圳到东京空运需经上海、仁川、北京等机场中转，时效3-5天，空运价格实惠，航班天天，AK、BR、CA、CI、SQ都可到达。
东京成田国际机场（NRT）位于日本关东地区，距东京市区68公里之遥的千叶县成田市，是日本最大的国际航空港。东京成田国际机场年旅客吞吐量居日本第二位（第一位羽田机场），货运吞吐量居日本第一、全球第三。成田空港是日本航空、全日空、美国联合航空公司、美国西北航空公司（已被收购，现为达美航空成员）美国达美航空公司的亚洲枢纽港。根据日本机场分类法，成田机场与东京羽田机场、大阪国际机场、关西国际机场和中部国际机场统一划分为一类机场。深圳到东京成田机场空运有直达航班，5X、HU、OZ、ZH、BR、CA、CI、SQ都可到达，时效3-4天。
大阪伊丹国际机场（Osaka Itami International Airport），亦名大阪国际机场（Osaka International Airport），三字代码：ITM；四字代码：RJOO）。位于东经135度21分21秒、北纬34度47分04秒，日本兵库县伊丹市、大阪府丰中市、池田市三者交界地带，海拔高度12米，根据日本《空港整备法》被分为第一种机场。
大阪关西国际机场（英语：Kansai International Airport，三字代码：KIX，四字代码：RJBB）通称为大阪关西机场或简称（大阪）关空，是一座由3个日本大阪府的行政单位管理的机场，分别是泉佐野市（北）、田尻町（中）和泉南市（南），为京阪神都会区和关西地方的主要机场，邻近有神户机场、大阪国际机场，位于大阪湾东南部的泉州近海离岸5千米的人工岛上。根据日本《空港整备法》，该机场被分为第一种机场。物流巴巴深圳到大阪空运航线众多，（UPS航空、友和道航空、深圳航空）有直飞航线，也有中转航线，时效一天左右，还有免费的大阪空运费查询服务。
那霸国际机场(OKA)位于日本冲绳县那霸市，属于民用机场。那霸机场是一座位于日本冲绳县那霸市的民用机场。我国的北京、上海、杭州、香港、南京、沈阳、天津等机场都有直达航班到这里，主要航空公司有首都航空、吉祥航空、中国国际航空、中华航空、香港航空、港龙航空、中国东方航空等。深圳到那霸空运，大韩航空执飞，经仁川中转，时效2-3天。
福冈国际机场（ICAO：RJFF；IATA：FUK）是一个位于日本福冈县福冈市博多区的国际与国内机场，1945年建成。因该机场曾为美国空军所驻扎之板付基地，所以又曾称为板付机场。是日本离市中心最近的机场。深圳到福冈空运无直达航班，需经北京、东京、仁川、台北、新加坡等机场中转，主要航空公司有新加坡航空、大韩航空、韩亚航空、中华航空、国航、联合包裹航空、长荣航空等，时效3-4天。
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